云南亲子鉴定出问题有两种可能。

首先、肯定的关系做成了一个否定的。可能是主要原因是，样本搞错，或是人为调换了样本。和自己是亲子之间关系的除了这些孩子就是我们父母。一旦，怀疑搞错样本，通过重新取样验证就能可以知道两次检测的样本数据是否需要来自同一个人。

第二，数据判断是正面的，实际上是负面的。近亲通常是这种情况，这种情况可能与亲子关系有相同的现象，因为这种情况需要从没有参与的父母中添加DNA，或者在测试中添加遗传标记。因此，在近亲属的情况下，最好向鉴定中心澄清，嫌疑人是否应该参与等等。因为，亲子鉴定结果判定时，是明确排除近亲属关系的情况。

云南亲子鉴定肯定达不到100%，但可以确认亲子关系。

在排除基因突变、分型错误和确定基因型的前提下，亲子关系的否定应该是绝对的，即否定结论的信度为100%，正亲子关系只能作出相对的结论，即作为统计指标的正结论的信度永远不可能达到100%。

但云南亲子鉴定的第一步是检测标本持有者的DNA信息，对个体的DNA信息是终身的。亲子关系，不仅要根据科学数据考虑到近亲属等其他情况，还要百分之百确定亲子关系。