如今，仍有人对《婚姻法司法解释(三)》第二条存有疑虑。他们认为，如果事实上没有亲子关系，但其中一方出于自尊拒绝做亲子鉴定，导致法院对自己不利的推定，这不是损害了一方的合法利益，造成司法不公吗？笔者认为《婚姻法司法解释(三)》第二条的规定只是解决了一方拒绝配合鉴定时的举证责任分配问题。但法律上永恒的信条是，客观事实永远大于推定事实。一旦法院基于错误的推定做出判决，受害方完全可以通过鉴定证明客观事实，从而在法庭面前推翻推定的事实。

总之，理解和适用《婚姻法司法解释(三)》第二条的关键在于，提起亲子鉴定诉讼的一方当事人提供的证据可以不充分，但必须能够形成合理的证据链，证明当事人之间存在或不存在亲子关系。他申请亲子鉴定只是对所引用证据的补充(补强)，并不是他主张的唯一证据。因为亲子鉴定关系到夫妻、子女和他人的人身关系和财产关系，在一方拒绝做亲子鉴定的情况下，提出亲子鉴定的一方应当承担与其主张相称的举证责任。

只有当申请人完成了行为意义上的举证责任，足以让法官感到自信时，才能请求亲子鉴定。在司法实践中，如何正确把握申请亲子鉴定当事人的举证责任，合理及时地把握行为意义上的举证责任转移时机，是判断亲子鉴定中证明妨害的重要条件。如果过分强调申请人的举证责任，将难以保障申请人的实体权利；如果忽视或疏于申请人的举证责任，可能会导致权利的滥用，不利于司法关系的稳定和被申请人隐私的保护。总之，要保护妇女儿童的合法权益，防止矛盾激化，根据不同情况慎重对待案件。